Štatistika v oblasti zdravia zahŕňa dve oblasti - štatistiku zdravotníctva a štatistiku pracovnej neschopnosti pre chorobu a úraz.

Údaje v oblasti štatistiky zdravotníctva sa zisťujú najmä v rámci štátnych štatistických zisťovaní s ročnou periodicitou vykonávaných v pôsobnosti Ministerstva zdravotníctva SR Národným centrom zdravotníckych informácií. Ide o údaje z oblasti ambulantnej a lôžkovej starostlivosti, spoločných liečebných a vyšetrovacích zložiek, údaje o sieti zdravotníckych zariadení v SR a o zdravotnom stave. NCZI má k dispozícii aj ďalšie údaje o zdravotnom stave obyvateľstva zo zisťovaní realizovaných na základe legislatívy MZ SR (www.nczisk.sk). Ďalšími zdrojmi údajov za zdravotníctvo sú administratívne zdroje Úradu verejného zdravotníctva SR (www.uvzsr.sk), Štátneho ústavu pre kontrolu liečiv (www.sukl.sk), zdravotných poisťovní a Sociálnej poisťovne (www.socpoist.sk). Základné údaje o zdravotníctve sú dostupné v Štatistickej ročenke SR, Trendoch sociálneho vývoja a ostatných súborných publikáciách ŠÚ SR.

Do oblasti štatistiky zdravotníctva patrí aj výberové zisťovanie Európske zisťovanie o zdraví (EHIS) realizované podľa spoločnej európskej metodiky, ktorého cieľom je získať medzinárodne porovnateľné údaje o zdravotnom stave, zdravotnej starostlivosti a faktoroch ovplyvňujúcich zdravie populácie. Realizuje sa pravidelne každých 5 rokov vo všetkých členských štátoch EÚ na základe nariadenia Komisie (EÚ) číslo 2018/255, ktorým sa vykonáva nariadenie Európskeho parlamentu a Rady (ES) č. 1338/2008, pokiaľ ide o štatistiky vychádzajúce z európskeho zisťovania o zdraví formou rozhovoru (EHIS).
Európske zisťovanie o zdraví EHIS 2019 je v poradí už treťou vlnou zisťovania, ktorá sa realizuje v podmienkach Slovenska. Štatistické údaje o zdraví, ktorých zber prebieha v období od 1. júla 2019 do 31. decembra 2019 formou osobného rozhovoru na vzorke 8 000 respondentov vo veku 15 rokov a viac, majú veľký význam nielen pre účely medzinárodného porovnávania, ale aj pre plnenie politických potrieb a požiadaviek obsiahnutých v konkrétnych európskych stratégiách. Sú nevyhnutným podkladom pre riešenie súčasných problémov súvisiacich so zdravím obyvateľstva v rámci EÚ, akými sú napr. starnutie populácie, nerovnosť v zdraví, kvalita a funkčnosť zdravotných systémov.
Výsledky vybraných ukazovateľov z predchádzajúcich zisťovaní EHIS 2009 a 2014 sú zverejnené na stránke Štatistického úradu SR v tematickej časti Indikátory a v publikáciách - EHIS 2009 – Európske zisťovanie o zdraví a Pohľad na zdravotný stav obyvateľstva SR a jeho determinanty (výsledky EHIS 2014).

Štatistika pracovnej neschopnosti obsahuje široký rozsah informácií o pracovnej neschopnosti pre chorobu a úraz podľa štatistickej klasifikácie ekonomických činností (SK NACE Rev. 2), územia a iných kritérií.

Zahŕňa údaje o priemernom počte nemocensky poistených, novohlásených prípadoch pracovnej neschopnosti (PN) a kalendárnych dňoch PN pre chorobu, pracovné úrazy a ostatné úrazy, údaje o pracovných úrazoch (vrátane smrteľných) a chorobách z povolania, o odškodnení pracovných úrazov a chorôb z povolania a údaje o zamestnancoch na rizikových pracoviskách.

Do roku 2006 sa údaje o pracovnej neschopnosti získavali vyčerpávajúcim štatistickým zisťovaním s ročnou periodicitou. Od roku 2007 sa tieto údaje spracúvajú a preberajú z administratívnych zdrojov Sociálnej poisťovne, Národného inšpektorátu práce (www.nip.sk) a Úradu verejného zdravotníctva SR.