Na jednoznačnú identifikáciu subjektov evidovaných v Registri organizácií sa používa  identifikačné číslo (IČO). Prideľuje sa každej právnickej osobe a fyzickej osobe - podnikateľovi a má evidenčný význam. V zmysle zákona č. 272/2015 Z.z. o registri právnických osôb, podnikateľov a orgánov verejnej moci a o zmene a doplnení niektorých zákonov prideľuje IČO Ministerstvo vnútra SR automatizovaným spôsobom.